实验室现有三个稳定的研究方向和一个公共服务中心：

1微生物发酵与转化：基于工业酶资源及创制工业菌株，完成核苷类药物中间体的生物转化设计，并在此基础上完善工艺路线，建立海量的基因工程菌株和工业酶资源库，实现高端精细化学品的绿色酶促转化。阐明代谢限速酶和限速步骤，获得高效表达或过表达菌株；优化生产菌的发酵条件并进行小试和中试开发。

2功能微生物制剂和产品开发：通过筛选和改造木质纤维素类农业废弃物降解功能菌株；开发功能微生物制剂和功能产品，如SCP、饲用酶制剂、绿色生物防控菌剂、微生态制剂等应用于食品、发酵及饲料行业；

3环境微生物技术：利用微生物技术建立绿色生产替代技术，并进行有机废弃物的资源化和能源化开发；天然水体的环境毒理效应和安全评价。

4技术开发公共服务中心：基于工程实验室和新乡市高新区管委会签署的公共服务中心建设协议，于万华生命科学产业园共同建立公共服务平台，着力解决微生物技术相关企业的关键共性技术难题，接洽技术合作、转移或示范单位，以及对外技术服务工作。